Die Gesamtheit aller Keime, die die Körperoberflächen und das Innere eines Tieres besiedeln, wird als Mikrobiota bezeichnet. Der größte Teil davon ist im Colon lokalisiert (1011 – 1012 Bakterien/g Kot). Die unter den dortigen Bedingungen wachsenden Bakterien sind zu 99,9 % Anaerobier. Diese Keime haben v.a. schleimhautnutritive und -protektive Funktion. Bei bakteriellen Dysbalancen können diese Aufgaben nur unzureichend erfüllt werden. Eine Folge davon ist die Verringerung der Kolonisationsresistenz und eine vermehrte Besiedelung mit obligat oder fakultativ pathogenen Erregern. Aufgrund der verminderten Barrierefunktion der Schleimhaut können u.a. Antigene, Endotoxine und Histamin aus dem Darmlumen in die Blutbahn übertreten und so Pathomechanismen initiieren oder diese verstärken.
Einige Bakterien und Bakteriengruppen deuten als Markerkeime auf einen dysbiotischen Zustand des Darmes hin. Damit kann die Diagnostik einer Dysbiose erfolgen und die vollständige Untersuchung des Darmmikrobioms (alle gesammelten genetischen Informationen der kommensalen Darmbakterien).
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