Das für eine PCR einzusendende Probenmaterial hängt entscheidend vom nachzuweisenden Erreger und der vorliegenden Symptomatik bzw. Fragestellung ab. Abhängig von der Ausbreitung des Erregers im Körper und dessen Ausscheidung sind verschiedene Probenmaterialien geeignet.
Erreger, die eine Virämie, Parasitämie oder Bakteriämie verursachen, können in dieser Phase der Infektion direkt in einer EDTA-Blutprobe nachgewiesen werden. Lithium-Heparin als Antikoagulans ist weniger gut geeignet, da es die PCR inhibieren kann. Bei Blutproben wie bei anderen flüssigen Proben wird eine Menge von mindestens 0,2 ml benötigt.
Im Gegensatz zur bakteriologischen/mykologischen Untersuchung werden für PCR-Untersuchungen sterile Abstrichtupfer ohne Transportmedium empfohlen. Bei geringer Erregerkonzentration kann es bei Abstrichen in Medium zu falsch negativen Ergebnissen kommen. Die Tupfer können für die Probenentnahme mit physiologischer Kochsalzlösung angefeuchtet werden. Ebenso eignen sich für PCR-Untersuchungen sog. Cytobrushes (Bürstchentupfer), die in einem unbeschichteten, sterilen Röhrchen versendet werden können.
Für Erregernachweise aus Kot werden ca. haselnussgroße Probenmengen benötigt. Für manche Erreger (z.B. Coronavirus, Tritrichomonas foetus) empfehlen wir Sammelkotproben über 3 Tage, da diese Erreger mit dem Kot intermittierend ausgeschieden werden.
Weitere Probenmaterialien wie z.B. Hautbiopsien, Organmaterial, Urin, Synovia, Liquor, Knochenmark- und Lymphknotenpunktate werden für PCR-Untersuchungen am besten in sterilen, unbeschichteten Probengefäßen verschickt. Fixierungslösungen wie Formalin o.ä. können zu DNA-Degradation, PCR-Inhibition und damit zu falsch negativen Ergebnissen führen.
