Die Entstehung der verschiedenen Fellfarben bei Alpakas wird durch zahlreiche genetische Faktoren bestimmt. Der E-Lokus (MCR1-Gen) steuert, ob schwarzes Pigment (Eumelanin) in die Haare eingelagert werden kann. Liegt am E-Lokus mindestens ein dominantes E-Allel vor, ist das Alpaka grundsätzlich in der Lage, auch schwarzes Eumelanin zu produzieren und in die Haare einzulagern. Ist das Tier dagegen reinerbig (homozygot) für das rezessive e-Allel (e1 oder e2), kann nur das rot-braune Pigment Phäomelanin in die Haare eingelagert werden – unabhängig davon, welche genetischen Varianten am A-Lokus vorhanden sind. Der E-Lokus wirkt also übergeordnet über den A-Lokus. Im Rahmen des dieses Gentests werden die Varianten e1 (C901T) und e2(A82G) untersucht.
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