De quelle espèce animale ces poils, ce sang ou ces excréments proviennent-ils ?

 

L'identification des espèces par les outils de biologie moléculaire connaît un engouement grandissant et a vu son champ d’applications s’élargir d’année en année. Etant de plus en sollicité pour identifier une espèce animale à partir de divers échantillons, nous avons développé chez LABOKLIN un test moléculaire utilisable en routine pour répondre à cette question.

Exemples d‘application

Les situations où ces analyses peuvent rendre service sont nombreuses et parfois insolites. En voici ci-dessous quelques exemples courants.

Accident de la route – L‘assurance prend-elle en charge les dommages ?

Une compagnie d’assurances s’est un jour adressée à nous pour nous demander d’identifier l‘ espèce animale ayant „laissé „des poils sur le pare-chocs d’un véhicule accidenté. Pourquoi ? Parce que l’assurance prenait  en charge les dommages s’il s’agissait d’un animal sauvage (sanglier,renard, chevreuil,..) mais pas d’un animal domestique.Dans ce cas précis, le conducteur affirmait qu’il s’agissait d’un renard (roux), ce que l’assurance mettait en doute car les poils étaient noirs. En définitive, il s’agissait bien de poils de renard et non de chien ! Ainsi, la biologie moléculaire vient à la rescousse des usagers de la route lorsque l’identité de l’animal imprudent est mise en doute ou reste mystérieuse, notamment lorsqu’il s’agit d‘ espèces rarement rencontrées (raton laveur, chien viverrin,..).

Est-ce le chat du voisin qui utilise notre jardin comme WC ?

Voilà une question qui taraude un certain nombre de jardiniers à la découverte d’un tas nauséabond sur la terrasse ou dans le jardin. Qui est le visiteur nocturne indélicat ? Le chat du voisin ? ou un hérisson? Une martre ? L’analyse de l’excrément pourra parfois révéler quelques surprises. Nous avons pu ainsi confondre une martre qui s’était oubliée sur le siège d’une voiture ou  démasquer une hermine qui avait mis  les poissons d’une mare à son menu.

Braconnier en action ?

Nous avons recu plusieurs fois des traces de sang recueillies sur de l‘herbe ou de la neige en nous demandant d’en établir la provenance. Dans quelle situation ? Parfois le demandeur veut savoir si le sang provient d’un chien venant de fuguer. Une fois confirmé que ce sang provient d’un chien ,il s’agit de prouver qu’il provient du chien en question. Pour ce faire, il faut pouvoir établir l’empreinte génétique du chien d’une part, à partir de l’ADN isolé des tâches de sang  et d’autre part, avec un second échantillon d‘origine incontestable, comme des poils de ce chien récupérés par exemple dans son panier ,une brosse ou ..le sac de l‘aspirateur ! Si les deux empreintes génétiques (profil d’ADN) sont identiques, il s’agit bien du même chien. Il peut en être fait de même avec un chat.
Des chasseurs trouvent parfois des traces de sang sur leur terrain leur faisant supecter un braconnage. Ce sang provient-il d’un gibier  ou d’un autre animal domestique ? Là encore, la biologie moléculaire pourra apporter un éclairage.

Fourrure naturelle ou synthétique ?

Autre cas de figure insolite : des jouets en forme d‘animaux vendus sur un marché de Noel.Le vendeur assurait que la matière était synthétique. L’acheteur eut cependant des doutes, que nous avons confirmé en mettant en évidence sur une d’entre elles de l‘ADN de ..chat !

Mise au point de la méthode d‘analyse

Obstacle numéro 1: extraire de l’ADN en quantité et qualité suffisantes à partir des échantillons (tâches de sang, poils, excréments,..). Moins il y a de cellules disponibles, plus difficile est l‘obtention d‘ADN .Sur un échantillon de sang riche en cellules,cela ne pose guère de problème mais ici il en est tout autrement. Pour cela, nous avons du faire appel à des techniques  de PCR issues de la médecine légale avec des limites de détection plus basses. De plus, sur ce type de matériel, l’ADN se dégrade plus vite,c’est pourquoi nous mettons en oeuvre une technique de PCR amplifiant l’ADN mitochondrial, moins sensible aux altérations et souvent présent en quantité suffisante.

Un deuxième obstacle est constitué par le choix du gène à rechercher. Quand on sait ce que l’on cherche comme par exemple une bactérie ou un parasite, on utilise d’emblée une amorce („primer“) spécifique se liant à une séquence cible connue d‘ADN de cette bactérie ou parasite avant de l’amplifier. Mais ici, tout débute par des présomptions et la démarche est inverse: sont employées des amorces universelles qui s’hybrident  pour commencer avec  une séquence génétique commune à tous les mamifères par exemple. Puis, dans un deuxième temps,au moyens d’amorces spécifiques d’espèces (ou d’une famille d’espèces), il est possible de remonter à une espèce (ou une famille). Si une suspicion précise est faite un  séquencage de l’ADN est réalisé et cette séquence comparée  à des séquences d’espèces connues : le puzzle peut ainsi être reconstitué.

Limites

Toute méthode d’analyse a ses limites. La première d’entre elles déjà évoquée est la qualité de l’ADN disponible;ainsi, sur un échantillon où ont proliféré des bactéries et /ou des champignons, l’extraction d’ADN est plus difficile.

Deuxième limite : la liste des espèces animales identifiables. Les amorces de nombreuses espèces sont disponibles  mais couvrir toutes les espèces est à peine envisageable, car les différences seraient trop importantes à partir d’un certain nombre. De plus, des séquences génétiques ne sont pas toujours connues, en particulier pour les animaux „exotiques“.

Troisième limite :
l’extraction d’ADN dans les excréments: souvent sont retrouvés plusieurs ADN :celui de l’animal en question et ceux  d’autres animaux faisant partie de son régime alimentaire ! Exemple : chez un chat: souris ou  porc. .Mais dans ces cas, ils sont retrouvés à l’état de traces, permettant en règle générale de conclure à partir de l’ADN majoritaire.
La liste des espèces identifiables à ce jour est : chien,loup, chat domestique, chat sauvage,sanglier,cheval,mouton,chèvre,lynx, Mustélidés (martre,hermine,..),Cervidés (chevreuil,cerf,...) ; laquelle liste est amenée à s’allonger de mois en mois.
 
Le mot de la fin: les techniques de biologie moléculaire ont depuis longtemps investi le champ du diagnostic pour répondre à de nombreuses questions dont celle-ci :“de quelle espèce ou de quel animal s’agit-il  ?“
N‘hésitez pas à nous contacter par mél ou par téléphone pour discuter de cas particuliers et voir ensemble dans quelle mesure la biologie moléculaire peut vous aider à résoudre certains problèmes, aussi insolites soient-ils.













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